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La Merced fue la primera iglesia construida en Santa Cruz de la Sierra, no se tiene registro de la fecha ni el nombre de su edificador. Si bien existe evidencias documentales que el mercedario Diego de Porres construyó la iglesia matriz y un convento en Santa Cruz la antigua, pero en la ciudad existían dos El Mercedario y El Jesuita. No hay datos que ayuden a precisar la fecha en que el convento que fundó Diego de Porres se trasladó a San Lorenzo.
Mientras que Aquiles Gómez indica que un jesuita apellidado Vaquero fue el conductor del nuevo templo La Merced. En su edificación resalta su sencillez su arquitectura, presenta un lenguaje neogótico integral que incluye el uso estructural del arco ojival.
El constructor de La Merced resolvió dejar de lado cualquier referencia al antiguo templo maderero demolido adoptando nuevos materiales y técnica constructiva consolidada en el auge gomero, levantando una estructura portante de muros de cal y canto con revestimiento de ladrillo. Asimismo, construyó por primera vez en Santa Cruz de la Sierra un sistema de cubiertas abovedadas de ladrillo mampuesto.
